在供职于清华大学的24年期间，冯友兰作为清华主要领导之一，他襄助校长，竭诚尽力，贡献甚多。在历史的紧要关头，他临危受命，或代理校务、或管理学校，担当重任，不负众望，使清华大学渡过难关。他第一次代理清华校务是在罗家伦辞职到梅贻琦就职这段时间。第二次管理清华大学是在解放军占领北平前后，从校长梅贻琦离校到中共军代表吴晗接管清华校务这段时间。在炮声隆隆、兵临城下的岁月，在兵荒马乱、人心惶惶的年代，冯友兰领导清华校务会议，稳定清华局势，团结教师队伍，保护学校财产，把清华大学完好地保护下来。
1948年11月底，北平成为一座危城。蒋介石知道国民党在华北大势已去，他决心把留在北平学术界和文化界主要人士接到南方。在当时南下的少数人中间，清华校长梅贻琦是其中一位。除了政治方面的原因之外，梅贻琦离开北平南下的主要原因是为了保护清华庚款基金。12月14日，梅贻琦与冯友兰见最后一面，托以大任。次日，大批解放军正式宣布围城，梅不能返校，以电话通知，请校务会议代理校务，冯友兰先生为主席，暂主持校内事务，设法维护校产及师生安全。
在梅贻琦走后的第二天，清华大学就召开校务会议，冯友兰出席会议。鉴于1931年罗家伦辞职后，冯友兰代理校务出色地完成任务的经验，按照梅贻琦的电话通知，会议决定，因梅校长离校未回，推举冯友兰为校务会议临时主席;并决定，自本月20日起照常上课，并成立学校保卫委员会，率领校卫队维持治安，以周培源为主任。
就在冯友兰担任校务会议主席的当天晚上，国民党军队进驻清华大学校园，在生物馆前面操场上布置了炮兵阵地，情形十分危机。冯友兰临危不惊，指挥若定，化险为夷：“我原来定于那天晚上在家里请客，主客是一位新来的美国社会学教授，社会学系的教授作陪，意思是为那位美国教授接风，并介绍他同社会学系教授见面。厨房的人来问：‘晚上的酒席是不是还开?’我说：‘照常开。’到了晚上，那位主客没有来，他大概是刚来北京，就看见北京要解放，所以就赶紧打退堂鼓，转回美国去了。可是陪客全到了，校园墙外边枪炮声连续不断，我们仍然吃饭谈笑，一如平日。吃饭以后，有人来报告，说傅作义的军队退到校园以内了，并且在生物馆前面操场里布置了炮兵阵地。我看事情紧张了，清华可能成为战场。我一面通知保卫委员会，请他们同傅作义的军官们商量，请他们退出校园;一面通知各家眷属，如果有需要可以到图书馆楼下躲避。后来听说，傅作义的军官们已经答应不在校园内布置阵地。”次日早晨，傅作义军队全部撤走，退守白石桥、动物园防线。
要做好学校稳定工作，首先要解决的是经费问题。清华大学的经费主要来自美国庚子赔款，这笔美金特款存纽约华美协进社及银行，由校长梅贻琦亲自经管签字支付。可梅贻琦临走时并没有将基金支配权移交给冯友兰。梅贻琦离校时，他的助理秘书李天朴已于战事发生前就已经辞职。后来经过查询，收支账目和余款数目都不清楚，款项亦在美国，无法支用。这样，清华大学经费没有着落，陷入困境;加上物价飞涨，教师们的生活出现问题。校务会议遭到多方责难。浦江清《清华园日记》记述当时的情况说：“清华大学被解放后，梅校长既已南行，校务由校务会议诸公维持。各方颇多责难，一度在教授会中提出总辞职，教授会不讨论辞职案。共方尚未正式接收，经济来源无着，同人均窘。有些人家已经没有买蔬菜的钱，天天吃白菜而已。”为维持学校的治安秩序，21日，冯友兰主持清华大学第九十六次校务会议，审议通过由燕京大学和清华大学两校各出面粉、煤炭慰劳海淀警察及侦缉队人员以维持学校及周边安定的方案，以鼓励警察和侦缉队维护学校治安。在东北战事结束后，清华大学就做了应变准备，主要是积储粮食。俗话说，手中有粮，心里不慌。战乱岁月尤其如此。当时，北京郊区局势不定，学校经费来源断绝，存粮仅能维持教职员工最低生活一二个月。“而学校附近来校避难的民众。以及工警眷属不下数百人，均有学校供给食物。”这样，教职员工的生计成为问题。面对这种情况，冯友兰接连主持校务会议，解决这些问题。
经冯友兰等校务会议的努力和军管会的支持，清华大学的经费总算有了着落，生活问题得到妥善解决，“清华的师生员工表现了充分合作团结与镇定的精神”，局势稳定下来，“社会秩序很好，人民安居乐业，清华校内，也很平静，师生们生活正常。”
尽管如此，冯友兰领导的校务委员会的工作还遭到一些批评与指责。这些批评主要来自左派人士，内容主要涉及清华基金。1949年1月17日，冯友兰主持教授会，会议决定成立教授联谊会，商讨校委员会所拟的商讨大纲。会上，“钱伟长提出责询学校美金帐目。此美金帐目原由职员李天朴君经管，李君于战事发生前数星期离校南去，战事发动时学校及会计室帐目请示梅校长运进城中，今竟无人知道清楚。校务会议主席冯先生答应请接替李君经管之职员及出纳组主任姚君出席报告，并未实行。至是钱氏又起责询，词锋犀利。”这种情况延续了很长时间，在北平军管会接收清华大学后，情况依然如此。1月31日下午，冯友兰主持教授会。会上有人对于城乡交通隔绝时留在城中清华同人联络会之处理分发城中同人维持费及1月份薪水有所责询。《清华园日记》记此云，联络会“本应发给留城同人及眷属经费，然而南京政府所给平津学校教员薪水l月份数目相当的大，尚有可以透支2月、3月份薪水的办法。我们以前在教授会里所了解，留校同人既然被解放，由人民政府给维持费，定出发薪办法，城中的一份，便不能去拿了。至少须得请示人民政府以后再看。”“解放军北平军委会文化接管会答应我们在1月份底前要发薪一次，可是没有发下，因而有人认为校务会议不够努力。在阴历过年前，却发下南京政府所欠两个半月的面粉两袋半代金圆券每人六百五十元。……事实上城中物价大涨，金圆券六百五十元只能买两包纸烟。所以教授们因过年过得太穷，大发牢骚。说话不客气，主席冯公多方辩护，也很失态。……清华各团体自解放后，盛行检讨之风，而检讨之习惯并未养成，所以多意气和裂痕。冯公说了一旧话，说清华原有一句成语：‘教授是神仙，学生是老虎，办事人是狗。’校务会议在此刻无论怎样总是错，希望不久新政府即派校长来也!”
在维持学校稳定的同时，冯友兰尽力尽快恢复学校教学和科研工作。逐渐地，清华大学校务虽然是由校务会议会同军管会代表主持进行，但实际运作是由军管会掌控，冯友兰等校务会议只能奉命行事。
到了5月4日，文管会任命周培源为清华教务长，陈新民为秘书长，冯友兰只作文学院院长。接着第二天，文管会又通知：奉军管会决定，成立清华大学校务委员会，叶企孙为主席兼常委，常委中还有一个助教和一个学生，冯友兰只是一般委员，不在常委之列。这就免去了冯友兰原来由校务会议推举的主席职位，只担任文学院院长。8月下旬，叶企孙向冯友兰转达军代表钱俊瑞意见，说他的思想跟共产党不合，冯友兰当即就表示辞职。8月31日，冯友兰致函校委会，辞去清华大学哲学系主任、文学院院长、校委会委员等职。9月23日，华北高教委批准冯友兰辞职请求。
自1928年起，冯友兰在清华大学(含国立西南联合大学)前后担任秘书长、文学院院长等职，襄助梅贻琦，办好了清华大学和西南联合大学。于时局危难之际，他还两次被推举为校务会议主席，以他学术的资历与声望，办事的能力与经验，出色地完成了历史赋予的使命。后来事情的发展却不如此。和那个时代很多著名的教育家一样，冯友兰管理大学之长才，在1949年以后便无用武之地，他从大学行政职位上永远地退了下来。三年之后，全国院校大调整，清华大学文科取消建制，冯友兰被调到北京大学，从此永远离开清华大学这片安身立命、著书立说、建功立业之地。
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